《热血三国3》打造了更有趣味性的跑商系统。跑商系统具有几十个目的地，玩家需要从近到远依次解锁。各个目的地解锁的方式不同，有战斗、道具收集、缴纳黄金等。每个目的地产出的资源不一样，玩家可以选取自己所缺的资源进行跑商，部分跑商地点还可以产出稀缺道具。
除了传统跑商之外，《热血三国3》还加入了投资和拦截玩法。玩家可对部分城池进行投资，在投资一定时长后，投资者可以收到该城池的资源回报。每个城池的投资人数有限，如果投资名额已满则需要进行战斗，驱赶下其他投资人。另一个需要进行战斗的则是商队拦截，商队拦截可以获得其他玩家的资源，使用“快速拦截”可以自动寻找战斗。